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Revision 2801 Oct 2013 - Main.RodrigoZucoloto

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Bem vindos ao Laboratório de Genética de Populações e Evolução Molecular "Profa. Miriam Tavares"- GENEV


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1. Cluster do GENEV / IBIO - UFBA. 2. DocuMentacoes. 3. HistoricoLabiocomp

O GENEV está equipado com um cluster para computação científica rodando em linux Debian Squeeze. Contamos hoje com duas CPUs em funcionamento para acesso aos usuários, sendo elas um servidor de rede para o cluster (clustermaster) e um servidor para a distribuição de trabalhos no cluster (darthvader). O cluster própriamente dito é constituido por 9 CPUs interligadas via switch 10/100 mbps de 48 portas.
 
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INFORMAÇÕES SOBRE O GENEV

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Agredecemos em especial a todas as pessoas que nos ajudaram a configurá-lo. Na foto, da direita para a esquerda de cima para baixo, nossos amigos e colaboradores Wagner Freitas, Victor Villas-Boas, Aullus Galassi, Guilherme Rocha e eu Rodrigo Zucoloto. E também aos que não estão na foto, mas colaboraram igualmente com cofigurações ou dicas: Italo Valci, Antônio Terceiro e Rafael Gomes.
 
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1. Nome e histórico

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Estágio de desenvolvimento do cluster

 
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Fundado em 2004 pelo Prof. Dr. Rodrigo Barban Zucoloto, com o nome de Laboratório de Biologia Computacional (LABIOCOMP), passou a chamar-se a partir de 2009 de Laboratório de Genética de Populações e Evolução Molecular "Profa. Miriam Tavares" em homenagem a Profa. Miriam Tavares que iniciou pesquisas em genética de populações no Instituto de Biologia. Em 2009, o escopo de atuação do laboratório foi revisto para focalizar o interesse dos alunos para as áreas de genética de populações e evolução molecular. A bioinformática passa a entrar como ferramenta para a solução de problemas biológicos como a análise sitemática molecular de grupos com dificulades na definição de sua história evolutiva pelos métodos tradicionais de análise filogenética baseados em dados morfológicos.
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ClusterMaster Estado DarthVader Estado Observações text
Servidor DHCP - Guilherme não OpenLdap? - Rafael sim    
Webmin - Guilherme sim NFS - Guilherme sim    
SSH sem senha - Vitor (Pelo root e por fora do Ldap) sim SSH sem senha - Vitor (Depende de OpenLdap? e NFS) sim    
NFS - Guilherme não Webmin - Vitor sim    
Zabbix (Monitoramento) - Rafael sim Torque - Guilherme sim    
VPN (Controle de acesso) - Rafael sim Servidor DHCP - Guilherme e Rafael sim    
           
           
           
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2. Linhas de pesquisa

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2.1. Genética de populações: Análises por marcadores moleculares aplicados a resolução de questões biológicas.
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3. Equipe

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Triagem de Softwares

 
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3.1. Professores:
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Tarefa: Completar a tabela abaixo com as informações solicitadas. Clique no botão edit abaixo da tabela.
 
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Prof. Dr. Rodrigo Barban Zucoloto
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Software
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Sorted descending
Plataforma Licença Paralelizado Comentários
Tree puzzle        
Strap unix/linux , mac GPL não Feito em Java, BioJava? , scriptável. Acredito ser uma ferramenta ideal a ser facilmente paralelizada.
The free computer program STRAP supports the analysis of hundreds of proteins and integrates amino acid sequence, secondary structure, 3D-structure and genomic- and mRNA-sequence and residue annotation.
Simplot        
Seqpup        
Phylip        
Paup windows, unix/linux , mac proprietária não Ferramentas para interpretação de árvores filogenéticas. A versão pra linux está sendo vendida por USD150
Modeltest        
Mega        
Macclade        
HY PHY        
GEODIS        
GENEPOP        
Gemoda   GPL não unix/linux based system for finding motifs in a genetic sequence. (ie. identify motifs in promoters.
GDA        
DNAstar        
DNAsp        
DAMBE        
Clustalx windows, unix/linux , mac   não O Clustalw é um programa largamente usado para alinhar sequências e possui uma interface gráfica chamada Clustax.ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/[Disponível em]]
Cópia da licença
BIOSYS 1        
Bioedit windows proprietária não Editor de alinhamento de seqüencias usa clustalW e blast. Para 95/98/NT/2000/XP. Aparentemente é freeware sem disponibilização de código fonte.
Arlequin windows, unix/linux , mac proprietária não Software de genética das populações. Proprietário, mas grátis. Aparentemente é feito em C++ e Java.
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Prof. Dr. Gilberto Cafezeiro Bomfim (Coordenador)
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Profa. Flora Maria de Campos Fernandes
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Algumas distribuições para cluster e bioinformática:
 
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3.2. Alunos:
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- PelicanHPC? : http://idea.uab.es/mcreel/ParallelKnoppix/
 
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Ana Michelle Belem de Souza (UNEB)

Clara Ribeiro Porto (UCSal)

Rodrigo Mazzei Carvalho (UFBA)

Guilherme Rocha (UFBA)

Jamile Nogueira dos Santos (UFBA)

Aullus Galassi (UFBA)
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- birgHPC: http://birg1.fbb.utm.my/birghpc/
 
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3.3. Colaboradores:
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- Biobrew: http://linux.softpedia.com/progDownload/BioBrew-Linux-Download-2059.html
 
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Vitor Vilas Boas (Especilaista em Redes de Computadores)
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Links interessantes:
 
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Rafael Gomes (Especialista em Redes de Computadores)
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- https://springerlink3.metapress.com/content/wwuewa4120yak2b1/resource-secured/?target=fulltext.pdf&sid=5kgbrpeox01e0dl3nbwnwxsc&sh=www.springerlink.co
 
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4. Outros tópicos do nosso site

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- http://dl.acm.org/citation.cfm?id=1244038&dl=ACM&coll=DL&CFID=45851892&CFTOKEN=99246229
 
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- http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
 
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Manutenção da página

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- http://dgp.cnpq.br/buscaoperacional/detalhegrupo.jsp?grupo=8699103FMW8HOY
 
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Ajude o GENEV

Banco Real

O Banco Real ABN AMRO patrocina o GENEV, se você gostou das nossas pesquisas e quer nos ajudar, abra sua conta no Banco Real e informe seu nome e agência através desse e-mail: rbz@ufba.br dizendo "Abri minha conta no Banco Real para ajudar a patrocinar o GENEV/UFBA", para que possamos relacionar a lista de colaboradores ao Banco Real. Dessa forma você estará ajudando a manter o nosso patrocínio.

Obrigado!

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- http://hpc.cs.tsinghua.edu.cn/research/cluster/pbb/index.html

 
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